Micro-algues et éléments transposables : une thématique collaborative

Myriam Badawi1, Jérémy Berthelier2, Aurore Caruso1, Jonathan Filee3, Bruno Saint Jean2, Romain Gastineau1, Jean-Luc Mouget1, Mohammed Bey Baba Hamed4, Nathalie Casse1*, Grégory Carrier2*

* Contribution identique des auteurs


1 Laboratoire Mer, Molécules, Santé, Le Mans Université, France
2 Laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues, IFREMER de Nantes, France
3 Laboratoire Evolution Génomes Comportement Ecologie, Université de Paris-sud, France
4 Laboratoire d'Aquaculture et de Bioremédiation, Université d'Oran1, Algérie


Les micro-algues, en tant que membre du phytoplancton, forment un groupe primordial des écosystèmes marins. Elles sont particulièrement diversifiées car leurs ~100 000 espèces répertoriées aujourd’hui (il y en aurait 10 fois plus) sont réparties dans au moins 5 lignées phylogénétiques eucaryotes. L’importance des micro-algues résident dans leur rôle écologique de premier ordre car elles participent à environ la moitié de la production primaire mondiale de matière organique et se situent à la base des réseaux trophiques marins. De plus, les micro-algues jouent un rôle prépondérant dans la régulation des cycles biogéochimiques globaux, et donc du climat. Elles sont fortement influencées par les contraintes environnementales (température, lumière, pH…). Ainsi, les effets anthropogéniques sur les réseaux trophiques aquatiques (par le biais de la surpêche ou de la pollution par exemple) impactent directement la biomasse des micro-algues, leur productivité et le climat global. Enfin, les micro-algues sont une source de molécules aux applications diverses (de l'agroalimentaire à la santé en passant par les énergies renouvelables). Par conséquent, les microalgues possèdent non seulement une portée environnementale mais également économique et sanitaire. Ainsi, une meilleure description des micro-algues et de leur biologie face aux contraintes environnementales autoriserait une meilleure gestion des écosystèmes marins.
A l'heure actuelle, quelques dizaines de génomes de micro-algues ont été séquencés. Ils contiendraient jusqu'à 20% d'élément transposables (ET). Cependant, ce nombre est en réalité sous-estimé car une réannotation de certains de ces génomes a pu tripler leur nombre. Ce poster décrit l'ensemble des projets collaboratifs portés par le laboratoire Mer, Molécules Santé de l'Université du Mans et le laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues de l'IFREMER de Nantes, ainsi que de leurs partenaires. Ces projets ont pour but d'étudier (i) la diversité des ETs dans les génomes de micro-algues, (ii) de décrire leur activité (en caractérisant plus finement les Mariners-Like Elements), (iii) de comprendre leur origine, et notamment l'implication des transferts horizontaux de gènes procaryotes vers les eucaryotes qui balayent les génomes de micro-algues et enfin, (iv) d'étudier plus en profondeur le rôle adaptatif des ETs notamment en cas de stress chez les microalgues. Ces études sont soutenues par des projets de séquençage de génomes de micro-algues de haute qualité et de métagénomique environnementale.